テーマの一つは「増殖」

これによると

前作から５年、ついに帰ってきます。脚本は君塚さん、かつてのメンバーがすべて集まります。（テーマのひとつは“増殖”）お台場という土地も何もなかった５年前とはうってかわって、人も建物もそして犯罪も“増殖”しています。そんな様変わりしたお台場を舞台にスタッフ・キャスト全ての人が初心に戻って、冷静に良いものを作っていきたいと思ってます。

とのことで、「増殖」がテーマの一つなんだそうです。
室井十六号機まで出てきたりするんだろうか。(エヴァより)